十三年三月，朱影龙任命熊廷弼为征西大将军，总揽西北军与西南军的军务，秦良玉为副手，卢象生任前敌总指挥，左良玉为副总指挥，发动了最西藏的全面战争。
大军进展十分顺利，藏军低劣的武器装备根本就不是大明军队的对手，左良玉有做足了一切准备，一路高歌猛进，一下子就打到了拉萨城下。
左良玉更是疯狂，一路之上，只要是寺院他就烧，只要是寺院他就枪，抢完了再杀，只要是佛教徒，不管是哪个教派的一律抓起来，反抗的，自然是做了刀下亡魂，这下“左阎王”的名声算是在藏区彻底的响了起来。
左良玉又不是佛教徒，杀起喇嘛来是手起刀落，一点都不心慈手软。
明军势大，不管是黄教还是红教都没有能力组织起有效的抵抗，根本就是不堪一击，藏巴汗更是在明军还未打到拉萨城下之时，就带着自己的亲信部队仓惶逃回后藏老家，黄教虽然暂时得到了拉萨的政权，但面对左良玉部下数万武装到牙齿的骄兵悍将，若没有外援，拉萨城迟早会城破人亡的。
五世达赖阿旺罗桑嘉措派出和谈使者要求与大明和谈，但是被左良玉给拒绝了，除非五世达赖答应大明提出的所有条件，否则一切免谈。
阿旺罗桑嘉措又怎肯将黄教辛辛苦苦经营了数百年的基业拱手送人，但硬拼也是无法，只要以宗教的名义，将左良玉的大军妖魔化，号召拉萨全体藏民抵抗明军。
五世达赖彻底的煽动了藏民们的情绪，他们如同发了疯似的攻击大明的军队，左良玉是谁，换做别的人领军，或许还会犹豫一番，左良玉却丝毫没有理会，直接给军队下了屠杀的命令，不管事谁，只要攻击了大明军队，一律格杀！
拉萨一战，不但黄教喇嘛死伤无数，无辜的藏民听信了五世达赖的幼稚的妖魔化宣传，付出了极其惨烈的代价，结果就是拉萨城除了朱影龙曾今严令不得破坏的布达拉宫之外，几乎每一寸土地都沾染了鲜血！
左良玉的凶名一下子盖过了“洪屠户”，成为大明军中第一凶将，其凶名怕只有太祖开国时候的无敌勇将蓝玉可以比拟！
同年五月，西南军区出动五万大军，进入康区，剿灭了白利土司顿月多吉，占领昌都。
七月，左良玉率军进入厚葬，八月，俘获藏巴汗，九月平定西藏，至此，西藏被纳入中央政府的直接管辖之中，十月，中央朝廷设西藏与青海行省，并设西藏军分区，并入西南军区。
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