消灭了鬼冢准人后为了防止再有独裁者出现，匿名者开始重新改善制度，并加强与国际中情局的联系。可是还没有好好的休息一下，段藏就收到了国际中情局的求助，希望可以全力歼灭在非洲出现的一种神秘巨人，拿非利人。
随着“嗡嗡嗡”的飞机声响，大部分匿名者聚集到非洲刚果共和国的秘密基地中。
这个基地几乎就是一个要塞，四面都有高达20米高的城墙。这个基地的位置就在刚果民主共和国与坦尚尼亚的边界附近，据阿萨尔发放给国际中情局的情报，神秘的实验室就位于坦尚尼亚境内。
零之前就是在这里疗伤，现在已经变成了一个军事要塞了，数以百计的匿名者从全世界向这里汇合。这包括玛莎以前在英国“摩萨德”毕业的同学，和美国“林肯基地”毕业的学员。
由于匿名者总部设在日本，所以这么多年来总指挥和四位兵长都是由日本人担任的，美国的“林肯基地”可以培训四个兵团的人，训练出来的匿名者通常会负责日本以外的任务。而英国的“摩萨德”祇是专注培养护卫兵团与后勤兵团的人才，所以这两个兵团的人大部分都是欧美人。
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