沙定洲在占领昆明，夺取武定、姚安、大理、蒙化诸州府后，胁迫俘虏的云南巡抚吴兆元、在籍大学士禄丰人王锡衮向朱以海上疏,反称沐天波反,他沙定洲讨平之,宜以代镇云南。
想得到朝廷的正式任命，取代沐氏。
对于这种无理要求,朱以海自然不能答应，沙定洲是土司，之前被沐天波征召协助讨平叛乱土司，事后却在昆明兵变发难，夺取省城，然后攻掠云南，若是承认沙定洲代镇云南，那还得了。
好在云南局势虽坏，也没坏到底，沐天波年轻，没有本事，只能一逃再逃，逃到了永昌府保山去了，但云南也不是没人了，如杨畏之，本来只是分守道，一介文官，但却能够据守楚雄这座小城,硬是抗住了沙定洲叛军围攻。
叛军攻下了大理蒙化,却攻不下就在昆明旁边的楚雄。
此外如石屏土司龙在田,是一员猛将，早在万历年间就已经率领土兵出头，之后多次受朝廷征召率土兵参与平定叛乱、围剿农民军等战斗，崇祯年间在熊文灿麾下，还曾经奉命监视受招安的张献忠部，张献忠对龙在田都十分佩服，还主动拜他为义父。
之前武定土司吾必奎趁机发动叛乱，沐天波就是召集龙在田、沙定洲等土司出兵平定，将其击败生擒。
只是后来沙定洲又趁机做乱，龙在田却也是坚决反对，如今保沐天波退守永昌。
云南的其它不少土司，也多数并不服沙定洲，虽然有一些如今见其势大，依附于他，但大明在云南三百年天下，仍然有很强的威望，就算是沐家在云南，依然号召力很强。
这也是朱以海虽然很生气沐天波无能，但最终还是仍加他云南提督的原因所在，沐氏在云南，就等同于大明朝廷，还是需要这个牌子的。
四川、贵州、广西省，援兵入滇，也是形势所迫，若放任云南继续乱下去，就会威胁到四川贵州广西三省，甚至还会引发西南各省的其它土司们的叛乱，必须镇压。
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