为了保住自己的一条命，顺利地从敌国逃走，因此在对方发起进攻的时候，就积极地进行战斗，药师兜直到自己干脆利落地给予了对方致命一击，这才在忽然间发现，自己方才与之战斗的人并不是敌人，而是药师宇野乃。
虽然并不明白为什么自己视为母亲的院长会忽然间出现在这个地方，并且对他痛下杀手，药师兜的第一反应依旧是立刻展开急救，保住宇野乃的性命。可是，早就已经不可能认出真正的药师兜的宇野乃，却在深受重伤命悬一线的时候非常疑惑，为什么自己的敌人会想方设法地想要拯救自己。
眼看着自己的养母，根本无法认出自己，因此在精神上遭受了巨大的冲击，药师兜在已经因为自己与院长之间进行的战斗而弄出了声响的情况下，自然不可能在真正的敌国忍者包围过来的时候，依旧傻傻地停留在原地。
无奈之下只能放弃了继续治疗本来就不可能存活下去的药师宇野乃，药师兜就这么在逃出了自己潜伏的这个村子之后，在村子外面遇到了大蛇丸。
按照志村团藏的想法，这样一对能力出众的养母子，肯定会通过他设下的骗局自相残杀，而经过这样一番厮杀之后活下来的那个人，则会被一直以来都与他有着合作关系，因此表示愿意在这件事情上帮忙的大蛇丸给杀掉。
但是事实上，在当初还没有叛逃离开自己的村子的时候，就已经因为药师兜所具有的素质和能力，而认为这是一个能够为自己所用的人，大蛇丸就这么在忽然出现之后，非但没有杀掉自己面前的少年，反而还用一番非常巧妙的话语，说服了他。
在心中充满了疑惑的情况下去往了大蛇丸的基地，药师兜就这么从他的口中得知了过去这些年来发生的往事，并且弄明白了为什么孤儿院的院长，会对他痛下杀手。
把院长视为自己的母亲，把孤儿院当做了自己的家，药师兜在错手杀害了自己的养母的情况下，更在忽然之间意识到，自己事实上早就已经在多年前，被一个陌生人给顶替了。
小的时候本来就因为受伤失忆的关系而不知道自己究竟是谁，长大之后又因为这样的阴谋算计而彻底失去了自己的归宿，药师兜就这么在饱受巨大的精神冲击之后，选择了留在大蛇丸身边。
而他留下来的原因，也并不是因为自己想要得到力量，而是，他想要弄明白自己究竟是谁，想要找到自己人生的意义，以及自己继续存活下去的理由。
在上辈子大蛇丸被佐助抹杀之后，失去了如同人生导师一般的人物，药师兜为了能够继续探索自己人生的真谛以及意义，因此选择继续走在大蛇丸曾经行走过的那条道路上。
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